Implementační struktura ROP SV je stanovena zákonem č.248/2000 Sb. o podpoře regionálního rozvoje, ve znění zákona č. 138/2006 Sb.(dále jen „Zákon“).
Regionální rada je jako řídicí orgán ROP SV odpovědná za řízení a provádění operačního programu. V souladu se zásadou řádného finančního řízení je RR zodpovědná zejména za transparentní výběr projektů, monitorování projektů, zajištění spolufinancování z veřejných zdrojů, řízení činnosti monitorovacího výboru, poskytování informací a zpráv, zajištění publicity atd. Rozdělení úkolů mezi jednotlivé orgány RR stanovuje Zákon.
Orgány Regionální rady jsou:
Výbor Regionální rady
Hlavním posláním Výboru, souvisejícím s projekty, je vyhlašování výzev, schvalování podmínek výzev a podpořených projektů. Dále pak rozhoduje o rozpočtu, volí předsedu Regionální rady a místopředsedy, také jmenuje ředitele Úřadu Regionální rady Severovýchod. Členové Výboru jsou voleni z členů zastupitelstev (po osmi z každého kraje).
Předseda Regionální rady
Předseda je statutárním orgánem Regionální rady a zastupuji ji navenek. Předseda RR je statutárním orgánem Regionální rady a zastupuje ji navenek. Ze své činnosti je odpovědný Výboru. Předsedou Regionální rady regionu soudržnosti Severovýchod je Mgr. Radko Martínek.
Úřad Regionální rady
Úřad Regionální rady je výkonným orgánem RR, který zabezpečuje veškeré úkoly spojené s funkcí řídicího orgánu ROP SV (s výjimkou záležitostí svěřených Výboru a předsedovi RR).
Pro potřeby schvalování kritérií pro výběr projektů a monitorování na úrovni programu je RR ustanoven Monitorovací výbor ROP SV. Monitorovací výbor je založen na principu partnerství za účasti hospodářských a sociálních partnerů.
Funkci Platebního a certifikačního orgánu a Auditního orgánu plní Ministerstvo financí ČR.
